Use this identifier to quote or link this document: http://hdl.handle.net/2072/5001

MB-MDR: Model-Based Multifactor Dimensionality Reduction for detecting interactions in high-dimensional genomic data
Calle, M. Luz; Urrea, Víctor; Malats i Riera, Núria; Van Steen, Kristel
Universitat de Vic. Grup de Recerca en Bioinformàtica i Estadística Mèdica
L’anàlisi de l’efecte dels gens i els factors ambientals en el desenvolupament de malalties complexes és un gran repte estadístic i computacional. Entre les diverses metodologies de mineria de dades que s’han proposat per a l’anàlisi d’interaccions una de les més populars és el mètode Multifactor Dimensionality Reduction, MDR, (Ritchie i al. 2001). L’estratègia d’aquest mètode és reduir la dimensió multifactorial a u mitjançant l’agrupació dels diferents genotips en dos grups de risc: alt i baix. Tot i la seva utilitat demostrada, el mètode MDR té alguns inconvenients entre els quals l’agrupació excessiva de genotips pot fer que algunes interaccions importants no siguin detectades i que no permet ajustar per efectes principals ni per variables confusores. En aquest article il•lustrem les limitacions de l’estratègia MDR i d’altres aproximacions no paramètriques i demostrem la conveniència d’utilitzar metodologies parametriques per analitzar interaccions en estudis cas-control on es requereix l’ajust per variables confusores i per efectes principals. Proposem una nova metodologia, una versió paramètrica del mètode MDR, que anomenem Model-Based Multifactor Dimensionality Reduction (MB-MDR). La metodologia proposada té com a objectiu la identificació de genotips específics que estiguin associats a la malaltia i permet ajustar per efectes marginals i variables confusores. La nova metodologia s’il•lustra amb dades de l’Estudi Espanyol de Cancer de Bufeta.
2008-02-05
575 - Genètica general. Citogenètica general. Immunogenètica. Evolució. Filogènia
Bioinformàtica
Biometria
Mineria de dades
Epidemiologia genètica
Aquest document està subjecte a una llicència d'ús de Creative Commons, amb la qual es permet copiar, distribuir i comunicar públicament l'obra sempre que se'n citin l'autor original, la universitat i el departament i no se'n faci cap ús comercial ni obra derivada, tal com queda estipulat en la llicència d'ús (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/es/)
Working Paper
Documents de Recerca (Universitat de Vic);
         

Full text files in this document

Files Size Format
tr MCalle.pdf 320.0 KB PDF

Show full item record

Related documents

Other documents of the same author

Calle, M. Luz; Urrea, Víctor; Boulesteix, Anne-Laure; Malats i Riera, Núria
Cattaert, Tom; Calle, M. Luz; Dudek, Scott M.; Mahachie John, Jestinah M.; Van Lishout, François; Urrea, Víctor; Ritchie, Marylyn D.; Van Steen, Kristel
Van Lishout, François; Mahachie John, Jestinah M.; Gusareva, Elena S.; Urrea, Víctor; Cleynen, Isabelle; Théâtre, Emilie; Charloteaux, Benoït; Calle, M. Luz; Wehenkel, Louis; Van Steen, Kristel
Cattaert, Tom; Urrea, Víctor; Naj, Adam C.; De Lobel, Lizzy; De Wit, Vanessa; Fu, Mao; Mahachie John, Jestinah M.; Shen, Haiqing; Calle, M. Luz; Ritchie, Marylyn D.; Edwards, Todd L.; Van Steen, Kristel
 

Coordination

 

Supporters