Use this identifier to quote or link this document: http://hdl.handle.net/2072/196727

Optimització d'una aplicació bioinformàtica d'aliniament de seqüències executada en processadors many-core (GPUs)
Chacón de San Baldomero, Alejandro
Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria; Moure López, Juan Carlos
Las herramientas de análisis de secuencias genómicas permiten a los biólogos identificar y entender regiones fundamentales que tienen implicación en enfermedades genéticas. Actualmente existe una necesidad de dotar al ámbito científico de herramientas de análisis eficientes. Este proyecto lleva a cabo una caracterización y análisis del rendimiento de algoritmos utilizados en la comparación de secuencias genómicas completas, y ejecutadas en arquitecturas MultiCore y ManyCore. A partir del análisis se evalúa la idoneidad de este tipo de arquitecturas para resolver el problema de comparar secuencias genómicas. Finalmente se propone una serie de modificaciones en las implementaciones de estos algoritmos con el objetivo de mejorar el rendimiento.
Les eines d'anàlisi de seqüències genòmiques permeten als biòlegs identificar i entendre regions fonamentals que tenen implicació en malalties genètiques. Actualment hi ha una necessitat d'aportar a l'àmbit científic eines d'anàlisi eficients. Aquest projecte desenvolupa una caracterització i anàlisi del rendiment d'algoritmes utilitzats en la comparació de seqüències genòmiques completes executades en arquitectures MultiCore i ManyCore. A partir de l’anàlisi s'evalua la idoneïtat d'aquest tipus d'arquitectures per resoldre el problema de la comparació de seqüències genòmiques. Finalment es proposen una sèrie de modificacions en les implementacions d'aquests algoritmes amb l'objectiu de millorar el rendiment.
The analysis tools of the genomic sequence allow biologists to identify and understand the basic regions that are involved in genetic diseases. Nowadays there is the necessity to give the science efficiency analyse tools. This project makes a characterisation and analysis of the output in the algorithms used on the complete sequence comparison, performed on MultiCore and ManyCore architectures. From this analysis the suitability of this kind of architectures on the solution of the comparison gene sequence is evaluated. Finally a series of modifications for the implementations of these algorithms are proposed, to allow the output improvement.
2011-09
004 - Informàtica
Bioinformàtica
Algorismes computacionals
Genomes -- Processament de dades
L'accés als continguts d'aquest document queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/
117 p.
Bachelor Thesis
         

Full text files in this document

Files Size Format Description
PFC_AlejandroChaconSanBaldomero.pdf 9.886 MB PDF Projecte

Show full item record

 

Coordination

 

Supporters