|
Title:
|
Optimització d'una aplicació bioinformàtica d'aliniament de seqüències executada en processadors many-core (GPUs)
|
|
Author:
|
Chacón de San Baldomero, Alejandro
|
|
Other authors:
|
Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria; Moure López, Juan Carlos |
|
Resumen:
|
Las
herramientas
de
análisis
de
secuencias
genómicas
permiten
a
los
biólogos
identificar
y
entender
regiones
fundamentales
que
tienen
implicación
en
enfermedades
genéticas.
Actualmente
existe
una
necesidad
de
dotar
al
ámbito
científico
de
herramientas
de
análisis
eficientes.
Este
proyecto
lleva
a
cabo
una
caracterización
y
análisis
del
rendimiento
de
algoritmos
utilizados
en
la
comparación
de
secuencias
genómicas
completas,
y
ejecutadas
en
arquitecturas
MultiCore
y
ManyCore.
A
partir
del
análisis
se
evalúa
la
idoneidad
de
este
tipo
de
arquitecturas
para
resolver
el
problema
de
comparar
secuencias
genómicas.
Finalmente
se
propone
una
serie
de
modificaciones
en
las
implementaciones
de
estos
algoritmos
con
el
objetivo
de
mejorar
el
rendimiento. |
|
Resum:
|
Les
eines
d'anàlisi
de
seqüències
genòmiques
permeten
als
biòlegs
identificar
i
entendre
regions
fonamentals
que
tenen
implicació
en
malalties
genètiques.
Actualment
hi
ha
una
necessitat
d'aportar
a
l'àmbit
científic
eines
d'anàlisi
eficients.
Aquest
projecte
desenvolupa
una
caracterització
i
anàlisi
del
rendiment
d'algoritmes
utilitzats
en
la
comparació
de
seqüències
genòmiques
completes
executades
en
arquitectures
MultiCore
i
ManyCore.
A
partir
de
l’anàlisi
s'evalua
la
idoneïtat
d'aquest
tipus
d'arquitectures
per
resoldre
el
problema
de
la
comparació
de
seqüències
genòmiques.
Finalment
es
proposen
una
sèrie
de
modificacions
en
les
implementacions
d'aquests
algoritmes
amb
l'objectiu
de
millorar
el
rendiment. |
|
Abstract:
|
The
analysis
tools
of
the
genomic
sequence
allow
biologists
to
identify
and
understand
the
basic
regions
that
are
involved
in
genetic
diseases.
Nowadays
there
is
the
necessity
to
give
the
science
efficiency
analyse
tools.
This
project
makes
a
characterisation
and
analysis
of
the
output
in
the
algorithms
used
on
the
complete
sequence
comparison,
performed
on
MultiCore
and
ManyCore
architectures.
From
this
analysis
the
suitability
of
this
kind
of
architectures
on
the
solution
of
the
comparison
gene
sequence
is
evaluated.
Finally
a
series
of
modifications
for
the
implementations
of
these
algorithms
are
proposed,
to
allow
the
output
improvement. |
|
Publication date:
|
2011-09 |
|
Subject (UDC):
|
004 - Informàtica |
|
Subject(s):
|
Bioinformàtica
Algorismes computacionals
Genomes -- Processament de dades |
|
Rights:
|
L'accés als continguts d'aquest document queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
|
Pages:
|
117 p. |
|
Document type:
|
Bachelor Thesis |
|
Share:
|
|
