|
Title:
|
Programació d'aplicacions bioinformàtiques
|
|
Author:
|
Bosch Muntal, Josep Maria
|
|
Other authors:
|
Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria; Hernández Budé, Porfidio |
|
Resum:
|
Avui en dia la biologia aporta grans quantitats de dades que només la informàtica pot tractar. Les aplicacions bioinformàtiques són la més important eina d’anàlisi i comparació que tenim per entendre la vida i aconseguir desxifrar aquestes dades. Aquest projecte centra el seu esforç en l’estudi de les aplicacions dedicades a l’alineament de seqüències genètiques, i més concretament a dos algoritmes, basats en programació dinàmica i òptims: el Needleman&Wunsch i el Smith&Waterman. Amb l’objectiu de millorar el rendiment d’aquests algoritmes per a alineaments de seqüències grans, proposem diferents versions d’implementació. Busquem millorar rendiments en temps i espai. Per a aconseguir millorar els resultats aprofitem el paral·lelisme. Els resultats dels anàlisis de les versions els comparem per
obtenir les dades necessàries per valorar cost, guany i rendiment. |
|
Resum:
|
Hoy en día la biología aporta grandes cantidades de datos que solo con la informática podemos tratar. Las aplicaciones bioinformáticas son la más importante herramienta de análisis y comparación para entender la vida y lograr descifrar estos datos. Este proyecto centra su esfuerzo en el estudio de las aplicaciones dedicadas al alineamiento de secuencias genéticas, y
más concretamente a dos algoritmos, basados en programación dinámica y óptimos: el
Needleman&Wunsch y el Smith&Waterman. Con el objetivo de mejorar el rendimiento de
estos algoritmos para alineamientos de secuencias grandes, proponemos diferentes versiones de implementación. Buscamos mejorar rendimientos temporales y espaciales. Para lograr mejorar los resultados aprovechamos el paralelismo. Los resultados de los análisis de las versiones los comparamos a fin de obtener los datos necesarios para valorar coste, ganancias y rendimiento. |
|
Resum:
|
Biology is nowadays able to extract great amounts of data from which we can obtain a lot of information. Bioinformatics applications are the most important analysis tool we have to decode this data and to understand life. This project puts its effort in studying applications dedicated to
genetic sequence alignment. This is done by two algorithms based on dynamic programming:
Needleman&Wunsch and Smith&Waterman. The goal is to improve these algorithm's
performance on very long sequences of data and to propose different implementation options taking both time and space into account. Parallel computing will be the main tool we will be using and results will be compared to assess cost, gain and throughput. |
|
Publication date:
|
2010-06 |
|
Subject (UDC):
|
004 - Informàtica |
|
Subject(s):
|
Biologia computacional -- Mètodes
Genètica -- Processament de dades
Algorismes computacionals |
|
Rights:
|
Aquest document està subjecte a una llicència d'ús de Creative Commons, amb la qual es permet copiar, distribuir i comunicar públicament l'obra sempre que se'n citin l'autor original, la universitat i l'escola i no se'n faci cap ús comercial ni obra derivada, tal com queda estipulat en la llicència d'ús (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/es/) |
|
Document type:
|
Bachelor Thesis |
|
Share:
|
|
